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DHPLC法

特点:

Ø    拥有高端变性高压液相色谱仪(WAVE 3500HT)等仪器设备,配备有国内领先和国际一流水平的研究队伍。

Ø    采用DNA样品池法(将若干份PCR样品混合在一起),使得纯合突变也能以杂合子形式得以捡出,极大提高了寻找未知SNPs的效率。

Ø    具有高通量检测、自动化程度高、灵敏度和特异性较高、检测DNA片段和长度变动范围广、相对价廉等优点

Ø    检测所需的样品量很少,PCR产物高于80ng就能满足实验要求,且无需纯化,实验重复性好

Ø    上机时间短,只需5~6min就可得出数据

Ø    根据峰图可判断是否有突变,但不能确定SNP的位置和类型,需用标准样品或结合测序验证

原理:

DHPLC基因突变筛查,就是利用离子对反向液相色谱技术,通过独特的DNA分离基质,对特定的PCR反应产物进行分离。含有突变位点的PCR扩增产物经变性、逐步降温退火后,将形成同源和异源双链(一条为突变链,另一条为正常链)两种DNA分子.在部分变性条件下,发生错配的异源双链DNA更易于解链为单链DNA,与DNAsep柱结合力降低,比同源双链DNA分子更易于被乙腈洗脱下来,从而与同源双链DNA分离.一般来说,含变异成分的PCR产物将在DHPLC图谱上比PCR非变异产物多1-2个峰型,因而两者可以被鉴别.


实验流程:

Ø    DNA提取,设计引物并合成

Ø    PCR

Ø    上机检测,数据采集以及分析

客户提供:

Ø    准确的基因名称和序列以及SNP位点信息

Ø    A、组织或血液样品B、基因组DNA 样品,需-20度保存和运输

Ø    纯度要求:OD260/280在1.6~1.8之间;OD260/230在1.8~2.2之间

Ø    浓度要求( C) :基因组DNA浓度大于100ng/µl    

Ø    DNA用量需求( UL):PCR反应个数(N)* (M)/ (C)

Ø    单个PCR反应量(M):50ng

Ø    PCR产物大小在150~800bp之间,最好在300bp左右,里面不含矿物油、甲酰胺、高压灭菌水、蛋白酶 K、牛血清白蛋白

Ø    为了提高 PCR 扩增的保真性,最好选用 Pfu DNA 聚合酶

提供结果:

Ø    提供每个PCR产物的琼脂糖凝胶电泳图片

Ø    提供电子版结果及实验流程

Ø    提供数据分析服务

Ø    实验数据及实验剩余的样品和引物为客户所有

收费构成(具体价格请咨询)

Ø    DNA提取费用

Ø    引物设计及合成费用

Ø    PCR扩增费用

Ø    上机费用

Ø    数据分析费用

附:HPLC其他应用领域

工作模式

温度范围

应用范围

分离原理

非变性

50

鉴定双链DNA片段长度(小于2000bp

按片段长度分离,与序列无关

PCR产量检查和产物纯化

定量分析(Q-RT-PCR

部分变性

52-75

(平均范围)

突变检测

依靠片段大小和序列分离

单核苷酸多态性(SNP)研究

完全变性

 

75-80

(平均范围)

 

鉴定单链DNA片段长度(小于2000bp

依靠片段大小和序列分离

RNA分析 (用RNASep柱)

寡核苷酸分析(DNASep柱与OLIGOSep 柱)和纯化(片段收集器)。大量纯化需用OLIGOSepPrepTM HC

 

 
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