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               使用Hiseq2500(PE250PE150),对人的肠道、动物肠道、土壤、水体等环境微生物的16S/18S/ITS进行测序,结合公共数据库NtSilvaGreengene(可选)进行生物信息分析,揭示各种环境中的菌群结构及变化趋势。 

         

        技术优势

        无需培养分离菌株,直接从环境样本中扩增rRNA可变区,解决了大部分菌株不可培养的难题。

        客观还原菌群结构,专业、成熟的样本制备流程,客观还原样本本身的菌群结构及丰度比例。

        痕量菌检测,充分发挥高通量测序的大数据量优势,能检测出丰度低至万分之一的痕量菌。

         

         应用领域

        两地地理位置和气候相似,单作物生长状况却不一样,是否土壤中的微生物群有很大影响呢?

        研究证实,肠道微生物会导致严重的肠道疾病,那么这些易患肠道疾病的人群其肠道微生物会是怎样的状况呢?

        海底活火山附近的微生物和其他地方的有没有什么不一样?会不会有新的耐受极端环境的微生物?

         

        项目流程

         

        送样要求

        1. DNA样本

        OD260/280介于1.82.0之间,浓度>15ng/ul, 体积>10ulDNA, 并告知提取DNA所用的方法;

        填写完整的送样清单和DNA电泳检测电子照片, 用自封袋密封后随同样品一起送样;

        样品保存期间切忌反复冻融,送样管务必标清样本缩号,管口用Parafilm膜密封, 防止污染。

         2. 环境样品

        采样后务必立即封存样品(冷冻保存,推荐液氮处理),土壤、 粪便、 污泥、 海水沉积物等样品>1g, 植物树枝叶片、 堆肥等100g;

        样品保存期间切忌反复冻融, 送样使用干冰运输;

        请填写完整的送样订单, 用自封袋密封后随同祥品一起送样。

        3. PCR产物

        按照提供的PCR实验要求进行引物设计和PCR扩增,产物需要经琼脂糖电泳切胶纯化回收;

        PCR产物浓度>10ng/ul,总量>200ngOD260/280介于介于1.82.0之间, 样品保存期间切忌反复冻融;

        送样管务必标清样品编号,管口用Parafilm膜密封,防止污染,送样时使用干冰运输;

        请填写完整的送样订单,提供PCR产物纯化前后的电泳检测图片,用自封袋密封后随同样品一起送样。

         

        案例分析

         

        1  OTU生成及分类学注释

         

         

        2  Alpha多样性分析

                                              稀释曲线                          Simpson指数分析            Shannon指数分析           Rank Abundance指数分析

         

         

        3  物种组成及OUT差异分析

                                                     

             样本内微生物在纲层次的物种组成比例饼图  各样本微生物在门层次的群落结构分析柱状图  OUT分布差异venn图        OUT及物种丰度热图

         

         

        4  样本间相似度比较

                                      聚类树图                                       相似性热图                                                    PCoA分析

         

         

        5  高级分析及个性化分析

                                          CCA/RDA分析                               丰度位于前40的物种分布和丰度情况                   高丰度 OUT系统发育进化树                                                              

         

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