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        技术简介

         

        宏基因组(元基因组)学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养,而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组(元基因组)测序,能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系,极大地扩展了微生物学研究范围。

         

        技术优势

         

        适用范围广,绝大多数自然界中的微生物不能在实验室条件下进行培养,因此,不依赖于纯培养方式的研究方法极大的扩展了微生物的研究范围。

        真实性高,宏基因组学引入了宏观生态的研究理念,对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究,可以更准确地反映出微生物生存的真实状态。

         

        应用领域

         

        人体及动物微生物:如人体皮肤、消化道、呼吸道、口腔以及动物瘤胃、昆虫肠道等。

        环境微生物:土壤、污水、海洋、矿地、火山口等。

        工业微生物:酿酒微生物、发酵微生物等。

        植物内生菌等。

        工业微生物:酿酒微生物、发酵微生物等。

        植物内生菌等。

         

        项目流程

         

         

        送样要求

         

        1. DNA样本

        OD260/280介于1.82.0之间,样本量(一次)5ug,样本浓度≥50ng/ul,并告知提取DNA所用的方法;

        填写完整的送样清单和DNA电泳检测电子照片,用自封袋密封后随同样品一起送样;

        样品保存期间切忌反复冻融,送样管务必标清样本编号,管口用Parafilm膜密封,防止污染。

         2. 环境样品

        采样后务必立即封存样品(冷冻保存,推荐液氮处理),土壤、粪便、污泥、海水沉积物等样品>3g,植物树枝叶片、堆肥等>100g

        样品保存期间切忌反复冻融,送样使用干冰运输;请填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起送样。

         

        案例分析

         

                                     1  群体结构分析(基础分析)                2  不同人群肠道微生物的差异(图A、B基础分析,图C高级分析)

                                                                           

               

        3  膳食结构相关微生物的组成与分类(高级分析)

                                                                             

               

        4  物种谱分析(基础分析)

         

         

                                                    图5  代谢通路重建(高级分析)                                  6  肠道微生物的多样性(基础分析)

         

         

        7  特定基因进化分析(基础分析)

         

         

        参考文

         

        1. Jinfeng Wang, JiQi, Hui Zhao, Shu He, Yifei Zhang, Shicheng Wei&Fangqing Zhao. Metagenomic sequencing reveals microbiota and its functional potential associated with periodontal disease. Scientific Repots.2013. DOI: 10.1038/srep01843.

        2. Lim YW, et al, Metagenomics and metatranscriptomics: Windows on CF-associated viral and microbial communities, J Cyst Fibros(2012), http://dx.doi.org/10.1016/j.jcf.2012.07.009.

        3. Qiang Feng, Suisha Liang, Huijue Jia, Andreas Stadlmayr, Longqing Tang, Zhou Lan,Dongya Zhang, Huihua Xia, Xiaoying Xu, Zhuye Jie, Lili Su, Xiaoping Li, Xin Li, Junhua Li, Liang Xiao,Ursula Huber-Scho¨nauer, David Niederseer, Xun Xu. Gut microbiome development along the colorectal adenomacarcinoma sequence. Nature Communications .3 Feb 2015. DOI:10.1038/ncomms7528.

        4. Marcus J. Claesson, Ian B. Jeffery, Susana Conde, Susan E. Power, Eibhlı´s M. O’Connor, Siobha´n Cusack,Hugh M. B. Harris. Gut microbiota composition correlates with diet and health in the elderly. Article. 9 August 2012. Doi:10.1038/nature11319.

        5. Junhua Li, Huijue Jia, Xianghang Cai, Huanzi Zhong, Qiang Feng, Shinichi Sunagawa, Manimozhiyan Arumugam, Jens Roat Kultima. An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome. nature Biotechnology. 6 July 2014; doi:10.1038/nbt.2942.

         

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