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        • 产品名称: >微生物基因组测序
        • 上架时间: 2014-10-08
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        技术简介

        基因组测序分为de novo测序和基因组重测序

        de novo 测序即从头测序,不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。从而推进该物种的后续研究。

        基因组重测序是对基因组序列已知物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs)、拷贝数变异(Copy Number Variation, CNV)、插入/缺失(Indel)等变异类型,以廉价的方式将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。

        微生物基因组测序全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。微生物基因组测序根据客户要求可获得框架图、精细图和完成图。重测序结果可进行功能基因分析(如耐药基因分析)、进化分析、毒力分析等为后续的功能研究提供理论基础。

         

        技术优势

        高通量:高通量测序平台其每次运行可产生多达600Gb的数据量,效率高,成本低。

        高准确性:100x-200x的测序深度保证单碱基的测序误差率小于十万分之一。

         

         

        项目流程

         

        生物信息分析

        1.原始序列预处理和拼装;

        2.填补Gap获取精细图或完成图;

        3.基因组组分分析,包括各类ncRNA、重复序列和转座子等;

        4.基因功能注释;

        5.蛋白结构域注释;

        6.生化反应通路图(PATHWAY)映射;

        7.基因本体论(GO)注释;

        8.特异序列、特异功能蛋白等的预测。

        9.进化分析:包括构建系统发育树,计算进化速率

        10.根据客户要求进行个性化跟踪分析

         

         

        送样要求

        样本类型:DNA样本

        样本量(一次):小片段文库:≥3ug2K大片段库:≥20 ug

                       5~6K大片段库:≥20 ug10K大片段库:≥30 ug

        样本浓度:小片段文库:≥30ng/ul;大片段库:≥133 ng/ul

        样品纯度:OD260/280=1.8~2.0

        样品质量:基因组完整,大片段文库要求基因组DNA脉冲场电泳的结果主带>40Kb

         

         

        案例分析

                      

                           微生物基因组测序圈图                                                            比较基因组分析

         

                                                 

                                                  系统进化分析

         

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