您现在的位置:首页产品与服务新一代高通量测序服务 > >转录组测序

        技术简介

        转录组定义:是指特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有转录产物的总和,狭义上指所有mRNA的集合,我们这里主要指的是mRNA

        转录组测序根据实验样本的不同分为真核生物转录组测序原核生物转录组测序根据有无参考基因组分为有参考转录组无参考转录组

         

        技术优势

        检测范围广:无需了解物种的基因或基因组信息,便可直接对任意物种进行最全面的转录组分析。可检测未知基因,发现新的转录本。

        分辨率高:数字化信号,可精确检测到基因家族中相似基因以及可变剪接造成的不同转录本的单碱基差异。

        覆盖度高:新一代高通量测序技术的高深度覆盖,可以检测到低丰度的稀有转录本。

         

        项目流程

         

        测序策略及数据量

        测序策略:PE100PE125;

        数据量:

        真核生物一般测序3-4Gb;深度测序:10Gb;

        原核生物一般测序1Gb;深度测序:5-10Gb

        送样要求

        RNA样本

        样品量:2-10ug;

        样品纯度:OD260/280介于1.82.2之间,OD260/2302.0;

        样本浓度:植物≥250ng/ul;/鼠≥65ng/ul;细菌≥65ng/ul;

        样品完整性:28S:18S=2:1;

        RNA Integrity Number8.0。

        结果示例

        案例分析一——动物转录组

        对一位44岁女性SFT(孤立性纤维瘤/血管外皮细胞瘤)病人进行转录组测序和外显子测序,发现神经生长因子诱导基因结合蛋白NAB2基因3’端与转录激活因子STAT6基因的5’端发生倒位融合;对27位其他SFT病人中转录组测序都发现了NAB2-STAT6基因融合;其它51SFT病人经RT-PCR验证,也全部观察到了这个基因融合。

        研究结果意义:

        1.这些研究表明NAB2-STAT6SFT中的决定性突变,参与了SFT的发生过程,可为SFT诊断和治疗提供参考依据;

        2.倒位融合时,并不总发生在相同的部位,NAB2具有多个断裂位点,已发现多个NAB2-STAT6的融合变异亚群,不同的变异亚群临床预后有差异。

         

        通过转录组测序发现NAB2-STAT6融合基因。

         

         

         

        2  RT-PCR验证融合基因。

         

         

         

        不同的融合变异亚群。

         

         

         

        案例分析二——植物转录组

        通过转录组测序发现了富含油脂的茶树中与脂代谢相关的基因,对来自于C.oleifera的四个组织部位进行了转录组测序,通过BLAST相似度比对,大约42.6%的转录本可以被已知基因或者保守区域注释。人工培育的茶树C.sinensis进行了对比,确认了3022对同源基因,其中211对确认为正选择。代谢通路分析揭示了与脂代谢相关的大多数的基因;进化分析揭示了FAD2基因在进化过程中起重要作用。该项研究对提高油料植物C.oleifera的产量及高品质具有重要意义。

         

        1  C.oleifera的转录组unigenes4个蛋白数据库的对比结果图。

        (A)C.oleifera的转录组和4个蛋白数据库NRTAIR10UniRef90KOG比对结果的韦恩图。(B)根据总的同源序列的百分比展示的物种分布图。

         

         

         

        根据C.oleifera转录组的de novo拼接和注释的结果构建的脂代谢的核心反应网络图。

         

         

         

         

                              图根据C.oleifera的转录组的de novo拼接和注释    4  20种油料植物中的与脂代谢相关的FAD2基因的进化分析。

                                  结果构建的甘油三脂生物合成途径。   

         

                    

         

         

        案例分析三——微生物转录组

         

         图红球菌菌株TG13(A)TN3(B)的对数生长期细胞和                   2  红球菌菌株TG13不同表达水平基因的代谢通路图。

                   不可培养活细胞在不同表达水平的基因调节情况。          

                            

                     

         

         

          图红球菌菌株TG13不同表达水平基因的GO富集分析。                    巨噬细胞侵染期间,31S.Typhimurium菌株基因

                                                             特异性表达上调。

         

                              

         

         

        参考文献

        1.Identification of Recurrent NAB2-STAT6 Gene Fusions in Solitary Fibrous Tumor by Integrative Sequencing. Dan R. Robinson,Yi-Mi Wu, Shanker Kalyana-Sundaram, Xuhong Cao,Robert J.Lonigro,Yun-Shao Sung,Chun-Liang Chen,Lei Zhang,Rui Wang,Fengyun Su,Matthew K.Iyer,Sameek Roychowdhury,Javed Siddiqui,Kenneth J.Pienta,Lakshmi P.Kunju,Moshe Talpaz,Juan Miguel Mosquera,SamuelSinger, Scott M.Schuetze,Cristina R.Antonescu,and Arul M.Chinnaiyan.Nat Genet.2013 February ; 45(2):180185.doi:10.1038/ng.2509.

        2.Transcriptome Analysis of the Oil-Rich Tea Plant, Camellia oleifera, Reveals Candidate Genes Related to Lipid Metabolism. En-Hua Xia,Jian-Jun Jiang,Hui Huang, Li-Ping Zhang,Hai-Bin Zhang,Li-Zhi Gao.PLOS ONE. August 2014.

        3.Transcriptome and Proteome Data Reveal Candidate Genes for Pollinator Attraction in Sexually Deceptive Orchids.Khalid E.M.Sedeek1,Weihong Qi2, Monica A.Schauer,Alok K.Gupta,Lucy Poveda2,Shuqing Xu.Zhong-Jian Liu,Ueli Grossniklaus,Florian P.Schiestl,Philipp M.Schluter.PLOS ONE.May 2013.

        4.Induction of Viable but Nonculturable State in Rhodococcus and Transcriptome Analysis Using RNA-seq.Xiaomei Su,Li Guo,Linxian Ding,Kun Qu,Chaofeng Shen. PLOS ONE|DOI:10.1371/journal.pone.0147593 January 25,2016.

        5.RNA-seq Brings New Insights to the Intra- Macrophage Transcriptome of Salmonella Typhimurium. Shabarinath Srikumar,Carsten Kröger,Magali Hébrard, Aoife Colgan,Siân V.Owen,Sathesh K.Sivasankaran,Andrew D.S.Cameron,Karsten Hokamp,Jay C.D.Hinton. PLOS Pathogens|DOI:10.1371/journal.ppat.1005262 November 12,2015.

         

        关于我们 投资合作 客户服务 应用领域 联系方式
        公司介绍 合作研究 在线咨询 医疗保健
        北京经济技术开发区永昌北路3号707
        法律声明 销售网络 技术支持 药物研发
        热线电话:400-6789-590
        招聘信息 合作伙伴 在线查询 食品安全
        公司总机:010-67883332
          加入我们 订单下载 农业
        投诉电话:010-67883332-835
            客户反馈 环境
              其他
        企业QQ:2916567802

         

        版权所有:北京诺赛基因组研究中心有限公司 京ICP备10027553号-2 

        分享按钮